首都醫科大學建校于1960年，是北京市重點高等院校，是北京市政府、國家衛生計生委、教育部共建院校。已故著名泌尿外科專家、兩院院士、全國人大常委會副委員長吳階教授為首任校長。現任黨委書記呼文亮研究員，校長尚永豐院士。

學校校本部設有10所學院和1所研究院，包括基礎醫學院、公共衛生學院、化學生物學與藥學院、生物醫學工程學院、中醫藥學院、衛生管理與教育學院、護理學院、燕京醫學院、全科醫學與繼續教育學院、國際學院；北京腦重大疾病研究院。學校現有20所臨床醫學院暨附屬醫院，包括首都醫科大學宣武醫院（第一臨床醫學院）、附屬北京友誼醫院（第二臨床醫學院）、附屬北京朝陽醫院（第三臨床醫學院）、附屬北京同仁醫院（第四臨床醫學院）、附屬北京天壇醫院（第五臨床醫學院）、附屬北京安貞醫院（第六臨床醫學院）、附屬復興醫院（第八臨床醫學院）、附屬北京佑安醫院（第九臨床醫學院）、附屬北京胸科醫院（第十臨床醫學院）、首都醫科大學三博腦科醫院（第十一臨床醫學院）、附屬北京地壇醫院（第十二臨床醫學院）、附屬北京兒童醫院（兒科醫學院）、附屬北京口腔醫院（口腔醫學院）、附屬北京安定醫院（精神衛生學院）、附屬北京婦產醫院（婦產醫學院）、附屬北京中醫醫院（中醫藥臨床醫學院）、附屬北京世紀壇醫院（腫瘤醫學院）、附屬北京康復醫院（北京康復醫學院）、附屬北京潞河醫院（潞河臨床醫學院）、中國康復研究中心（康復醫學院），以及預防醫學教學基地（北京市疾病預防控制中心）。學校還設有38個臨床專科學院、專科學系、中心。

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