校始建于1951年，前身為西南區(qū)川南醫(yī)士學校，1978年升格并更名為瀘州醫(yī)學院，1993年成為碩士學位授權單位，2001年開始聯(lián)合培養(yǎng)博士，2003年開始留學生學歷教育。4月更名為四川醫(yī)科大學，同年12月更名為西南醫(yī)科大學。

學校占地2011畝。在校本科生、研究生、留學生17000余人。在職教職工5000余人，高級專業(yè)技術職務1000余人，碩士生導師566人，博士生導師17人。有教育部“*”講座教授、國家“百千萬人才工程”第一、二層次人選、享受國務院政府特殊津貼專家等高層次人才300余人，并聘請了包括邱蔚六、樊代明、付小兵等院士在內(nèi)的20余名國內(nèi)外專家為客座教授、兼職教授。

學校有碩士學位一級學科授權點7個，專業(yè)學位7個，省部級重點學科7個。有26個普通本科專業(yè)，其中國家專業(yè)3個，本科第一批次招生專業(yè)13個，雙學位專業(yè)5個。學校是國家第一批“卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃項目”、“臨床醫(yī)學專業(yè)綜合改革”、“臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位研究生培養(yǎng)模式改革”試點高校。有省級精品課程及精品資源共享課程26門和人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)、實驗教學示范中心、虛擬仿真實驗教學中心。是四川省卓越法律人才教育培養(yǎng)計劃示范性實踐教學基地。兩屆獲四川省高等教育教學成果獎一等獎3項。在全國高等醫(yī)學院校大學生臨床技能競賽中，連續(xù)六年獲西南西北分區(qū)賽一等獎，獲全國總決賽二等獎2次、三等獎4次；連續(xù)兩次獲國際口腔醫(yī)學本科生操作技能大賽一等獎；獲第五屆全國高等醫(yī)學院校大學生中醫(yī)藥創(chuàng)意設計競賽一等獎；醫(yī)學專業(yè)學生參加國家執(zhí)業(yè)資格考試通過率連續(xù)多年位居全國前列；畢業(yè)留學生回國參加執(zhí)業(yè)醫(yī)師考試通過率達81.88%，遠高于其所在國均水。

學校有教育部重點實驗室、國家級博士后科研工作站、國家藥物臨床試驗機構、省重點實驗室、省科技基礎條件臺等研究基地和機構，是“四川2011心血管疾病防治協(xié)同創(chuàng)新中心”的牽頭單位，有四川省唯一一個以醫(yī)藥、醫(yī)療器械研發(fā)為的省級大學科技園。截止目前，學校獲國家級、省部級科研項目700項；獲四川省科技進步一等獎5項，中華醫(yī)學科技進步二等獎1項，三等獎2項。

學校是四川省高等學校教育信息化示范學校。圖書館是四川省自動化、網(wǎng)絡化建設優(yōu)秀圖書館。

學校有三級甲等直屬附屬醫(yī)院3所，編制床位總數(shù)4370張，有國家級和省部級醫(yī)學重點專科或?qū)W科8個，是國家級全科醫(yī)生臨床培訓基地、國家或省級住院醫(yī)生和專科醫(yī)師規(guī)范化培訓基地，是擁有4000多萬人口的川滇黔渝結合部的區(qū)域醫(yī)療衛(wèi)生中心。