玉溪農業(yè)職業(yè)技術學院的前身是國家級重點中專??玉溪農業(yè)學校，成立于1956年，1991年經(jīng)省教委評估為合格中專學校，1993年被省政府認定為省部級重點中專學校，2000年首批步入國家級重點中專的行列。

2002年3月22日，經(jīng)云南省人民政府批準、教育部備案，獨立升格為以舉辦高等職業(yè)教育為主的、面向全國招生的全日制公辦高等職業(yè)學院。玉溪農業(yè)職業(yè)技術學院目前已經(jīng)形成以專科層次全日制高職教育為主，普通專科、成人本（專）科、普通中專、短期培訓等為輔的多層次、多渠道、多形式的辦學格局。學校遵循現(xiàn)代職業(yè)教育發(fā)展的教育教學規(guī)律，以立德樹人為根本、以服務發(fā)展為宗旨、以促進就業(yè)為導向、以技術培養(yǎng)、以能力建設為重點，實施“六合”模式（工學結合、教練融合、校企聯(lián)合、校企合作、院院合作、院校合作），突出“三性三實”（突出實踐性、開放性和職業(yè)性；突出實驗、實訓、實）；采用“學院＋企業(yè)＋基地”，“學院＋企業(yè)＋基地＋客戶”，“學院＋科研所＋基地”等的辦學模式；建設好兩個基地，即“高級應用型技術技能人才培養(yǎng)基地”、“農業(yè)科技研究和新技術推廣基地”，立足玉溪、服務云南、面向全國、拓展東南亞、辦人民滿意的教育，為云南現(xiàn)代高等職業(yè)教育和玉溪經(jīng)濟社會發(fā)展做貢獻。在60年的辦學歷程中，教育教學改革方面卓有成效，為社會培養(yǎng)出了3萬多名高素質的現(xiàn)代農業(yè)科技帶頭人和技能型人才，深受社會各界和用人單位好評。2012年，學院順利通過國家教育部人才培養(yǎng)工作的評估。

學院占地300余畝，擁有48個校內實訓實驗室、2個校內農場、1個養(yǎng)殖場，49個校外實訓基地，多媒體教室48間，座位數(shù)3184個。教學行政用房3.3萬方米，教學科研儀器設備1427.2萬元，圖書館藏書37.2萬冊，其中電子圖書20萬冊，學生宿舍2.7萬方米。

學院下設農林科學系、信息技術與電氣工程系、經(jīng)濟管理系、動物科學系、建筑與環(huán)境藝術工程系、食品藥品工程系，全日制在校專科生3711人，各類中短期培訓在2700人次/年；學院有教職工246人，其中專任教師148人，校內兼職教師59人，具有正高職稱5人，副高職稱61人，中級職稱98人，博士、碩士學位88人，雙學位1人，“雙師素質”教師113人；省級教學名師2人，省級教學團隊2個；國家級心理咨詢師9人。

2008年煙草栽培技術專業(yè)校外實訓基地建設成為了省級示范性實訓教學基地。2009年畜牧獸醫(yī)專業(yè)校外實訓基地建設成為了省級示范性實訓教學基地。2010年，學院被云南省高職高專學會評為“云南省職業(yè)教育先進集體”。2012年煙草栽培技術專業(yè)獲中央財政“支持高等職業(yè)學校提升專業(yè)服務產(chǎn)業(yè)發(fā)展能力”項目支持。

2012年，被云南省教育廳評為“云南省高等學校教學管理工作先進集體”。

2012年，煙草栽培技術專業(yè)獲中央財政“高等職業(yè)學校提升專業(yè)服務產(chǎn)業(yè)發(fā)展能力”項目支持；2013年該項目通過中期驗收，其專業(yè)建設案例被遴選為教育部“高等職業(yè)學校提升專業(yè)服務產(chǎn)業(yè)能力”建設項目典型案例在全國進行推廣。

2013年學院成功申報為“云南省現(xiàn)代農業(yè)技術培訓基地”；同年，云南省第110職業(yè)技能鑒定所榮獲“云南省2013年度職業(yè)技能鑒定所先進單位”稱號。

年來年學院加大對外交流活動力度，面向南亞、東南亞10國舉辦了農業(yè)技術國際培訓班；加入了中國食品藥品職業(yè)教育聯(lián)盟，與江蘇食品藥品職業(yè)技術學院簽訂校際合作協(xié)議，并派出學生進行學習交流；與臺灣環(huán)球科技大學、臺灣國立屏東商業(yè)技術學院、臺灣屏東科技大學建立合作意向等。