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在事業單位人員的工資結構中，績效工資是其中的一個重要部分。《條例》明確指出，在對事業單位人員的考核中，要重點考核工作績效。

據悉，人社部在2006年7月首次提出在事業單位建立崗位績效工資制度，當時設計這一制度的初衷，是要通過績效考核激勵事業單位人員提高工作質量和工作效率，逐步改變事業單位日趨嚴重的人浮于事的作風。

由于事業單位隊伍龐大，種類繁多，情況較為復雜，績效工資改革在最初兩三年的進展都并不順利。為此，2009年國務院決定對事業單位績效工資改革實施“三步走”策略：第一步，從2009年1月1日起先在義務教育學校實施，解決中小學教師的績效工資;第二步，從2009年10月1日起，在專業公共衛生機構和基層醫療衛生事業單位實施;第三步，在完成前兩步的基礎上，再將績效工資推行至其他的事業單位。

現在距離提出事業單位績效改革已有多年，人社部對外的說法是，該項改革已經基本完成，但業內人士的看法是，從全國范圍來看，績效工資制度的整體實施效果還很差，即便是在較早實施績效考核的中小學教師、醫院工作人員當中，也有很多矛盾和問題需要盡快解決。

中國勞動學會薪酬專業委員會會長蘇海南表示，事業單位績效改革難以有效推進的主要原因，一方面是事業單位績效工資改革涉及事業單位較多，工資變革情況較為繁雜，針對不同崗位人員，尤其是專業技術人員的績效考核標準很難量化。另一方面是地方財政壓力較大，難以負擔改革成本。

上述人社部專家分析表示，目前國家僅僅規定了事業單位績效工資改革的一些基本原則，地方在制定具體績效標準的時候自由度很大，往往容易走樣。比如對中小學教師的績效考核，目前大都是以課時為主，而對于醫院大夫、護士的績效考核，則要考慮醫療質量、服務質量、病人滿意度等因素，因此很難劃定合理的考核標準。

據悉，在繼續推進事業單位實施績效工資改革的同時，針對不同類型的事業單位的主要領導、高層次人才和普通專業技術人員，人社部正在制定一系列與之相配套的績效考核新政措施。尤其是對事業單位的主要領導，將逐步建立激勵約束機制，由主管部門依據崗位職責、工作業績和貢獻以及風險等因素，確定分配辦法和收入水。