參加新型農村合作醫療的農民因病住院治療，可獲得住院期間包括藥費、床位費、診查費、護理費、治療費、手術費、輸液費、輸血費、輸氧費、常規影像檢查以及常規化驗(血、尿、大便常規)費用的補償。

住院醫療費補償設立起付線和封頂線，起付線標準為：鎮級定點醫療機構80元，市中醫院100元，市婦幼保健院150元，市一醫院、市二醫院、市三醫院、泰康醫院、南城衛生院城區部、開發區衛生院、衛校附院、愛普眼科醫院200元，市外定點醫療機構500元。

封頂線為50000元，即新型農村合作醫療基金為每個人在1年內住院醫療費累計補償總額不超過50000元。

參加新型農村合作醫療的農民每次住院的醫療費用在起付線以下時由個人負擔，超過起付線后的醫療費用從新型農村合作醫療住院基金中按比例補償：

(一)在鎮級定點醫療機構住院治療，醫療費用在80元以上的部分補償80%;

(二)在市中醫院住院治療，醫療費用在100元以上的部分補償70%;

(三)在市婦幼保健院住院治療，醫療費用在150元以上的部分補償65%;

(四)在市一醫院、市二醫院、市三醫院、泰康醫院、南城衛生院城區部、開發區衛生院、衛校附院、愛普眼科醫院住院治療，醫療費用在200元以上的部分補償60%;

(五)在市外醫療機構住院治療，醫療費用在501元至至5000元(含5000元)部分補償40%;5000元以上的部分補償45%。

參加新型農村合作醫療的孕產婦住院分娩每人補償350元。

參合農民因危、急、重癥等情況在門診實施緊急搶救后住院的，其門診緊急搶救費并入住院費用中報銷;參合農民在一年內患同一種疾病連續轉院治療的，只計算其中最高級別醫院的一次起付線;農村五保戶、低保戶、特困優撫對象取消住院起付線標準。

新型農村合作醫療補償辦法：

(一)參加新型農村合作醫療的農民在定點村衛生室、衛生院門診就診發生的醫療費用，由醫療服務機構直接從合作醫療證門診家庭帳戶中扣減;在市級定點醫療機構門診就診的，由就醫者持門診醫療費用發票回戶口所在地定點村衛生室辦理補償手續。

(二)參加新型農村合作醫療的農民在市內定點醫療機構住院發生的醫療費用，由醫療服務機構在就醫者出院結算時即時補償，補償部分的費用由醫療服務機構先行墊付，就醫者出院時只需繳納補償后自費部分的費用。

(三)環城、北城、開發區轄區內參合農民在當地衛生院住院的，其報銷政策執行鄉鎮衛生院有關報銷政策和規定。

(四)經市合管辦批準轉