得縱向課題經費5.13億元，主持“973”課題3項、國家自然科學基金重點項目12項；作為第一完成單位獲國家技術發明二等獎1項，國家科技進步二等獎7項，省部級科技成果一等獎24項。2000年以來，我校有5項科研成果7次入選國家公布的年度科技十大新聞。2004年~2008年，國家科技部公布的Medline收錄論文排名中，我校連續5年在全國1000余所高校中位居前16名；2006年，侯凡凡教授的原創論文在國際頂尖醫學雜志《NEnglJMed》（《新英格蘭醫學雜志》）上發表,影響因子51.296，該成果被美國內科學年報評為“2006年內科學領域最重要的14項研究進展之一”。


醫療實力:擁有6個廣東省醫學重點專科，廣東省35項“名醫工程項目”我校占9項。有直屬附屬醫院6所（南方醫院、珠江醫院、第三附屬醫院、江都醫院、中西醫結合醫院和北?醫院），其中第一臨床醫學院（南方醫院）、第二臨床醫學院（珠江醫院）都是高水綜合性教學醫院，展開床位5000余張。在消化病診治、腎病的綜合治療、中西醫結合診療、腎肝移植、異體手移植、造血干細胞移植、心腦血管介入、創傷修復、新生兒重癥救治和圍產醫學等方面形成了明顯的優勢。南方醫院惠僑科被中央軍委授予“模范醫療惠僑科”榮譽稱號，并得到江澤民同志親筆題詞嘉勉。


產業開發:自20世紀80年代以來，學校堅持以“科學技術是第一生產力”為指導，開創了全國高校產學研一體化先河，以自主研發的“三九胃泰”、“正天丸”、“無限極口服液”、“尿毒清”等產品為基礎，先后創建了深圳南方制藥廠（三九集團前身）、南方李錦記營養保健品有限公司（現名無限極（中國）有限公司）、廣州康臣藥業有限公司等國際知名的醫藥企業。2004年轉制地方以來，取得科技成果300余項，研制出國際上第一個SARS抗原檢測試劑盒、國家1類新藥全氟丙烷人血白蛋白微球注射劑、f-PAX系統等重量級的科研產品并成功轉化