不再保留國家衛生和計劃生育委員會。不再設立國務院深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室。

（六）組建退役軍人事務部。將民政部的退役軍人優撫安置職責，人力資源和社會保障部的軍官轉業安置職責，以及中央軍委政治工作部、后勤保障部有關職責整合，組建退役軍人事務部，作為國務院組成部門。

（七）組建應急管理部。將國家安全生產監督管理總局的職責，國務院辦公廳的應急管理職責，公安部的消防管理職責，民政部的救災職責，國土資源部的地質災害防治、水利部的水旱災害防治、農業部的草原防火、國家林業局的森林防火相關職責，中國地震局的震災應急救援職責以及國家防汛抗旱總指揮部、國家減災委員會、國務院抗震救災指揮部、國家森林防火指揮部的職責整合，組建應急管理部，作為國務院組成部門。

中國地震局、國家煤礦安全監察局由應急管理部門管理。公安消防部隊、武警森林部隊轉制后，與安全生產等應急救援隊伍一并作為綜合性常備應急骨干力量，由應急管理部管理。

不再保留國家安全生產監督管理總局。

（八）重新組建科學技術部。將科學技術部、國家外國專家局的職責整合，重新組建科學技術部，作為國務院組成部門。科學技術部對外保留國家外國專家局的牌子。

國家自然科學基金委員會改由科學技術部管理。

（九）重新組建司法部。將司法部和國務院法制辦公室的職責整合，重新組建司法部，作為國務院組成部門。

（十）優化水利部職責。將國務院三峽工程建設委員會及其辦公室、國務院南水北調工程建設委員會及其辦公室并入水利部。

不再保留國務院三峽工程建設委員會及其辦公室、國務院南水北調工程建設委員會及其辦公室。

（十一）優化審計署職責。將國家發展和改革委員會的重大項目稽查、財政部的中央預算執行情況和其他財政收支情況的監督檢查、國務院國有資產監督管理委員會的國有企業領導干部經濟責任審計和國有重點大型企業監事會的職責劃入審計署，構建統一高效審計監督體系。

不再設立國有重點大型企業監事會。

（十二）監察部并入新組建的國家監察委員會。國家預防腐敗局并入國家監察委員會。

不再保留監察部、國家預防腐敗局。

改革后，除國務院辦公廳外，國務院設置組成部門26個：

1，中華人民共和國外交部

2，中華人民共和國國防部

3，中華人民共和國國家發展和改革委員會

4，中華人民共和國教育部

5，中華人民共和國科學技術部

6，中華人民共和